10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

技術(shù)簡(jiǎn)介

基于Pacbio10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以單個(gè)細(xì)胞為單位進(jìn)行檢測(cè)?；谖⒘骺丶夹g(shù)的單細(xì)胞文庫(kù)制備系統(tǒng)，可以同時(shí)獲得100-80,000以上的單細(xì)胞，制備文庫(kù)和Illumina平臺(tái)兼容，通過(guò)測(cè)序?qū)崿F(xiàn)對(duì)高通量單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞群體的分類(lèi)以及細(xì)胞群體間基因表達(dá)的差異分析，是研究腫瘤異質(zhì)性，免疫細(xì)胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。10X Genomics可應(yīng)用的細(xì)胞類(lèi)型眾多，如腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞、干細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、生殖細(xì)胞、 胚胎細(xì)胞等。

技術(shù)路線（實(shí)驗(yàn)+信息分析流程）

 送樣建議

 樣本類(lèi)型：細(xì)胞懸液，組織等

 應(yīng)用領(lǐng)域

 發(fā)育生物學(xué)：神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育研究、腦發(fā)育研究等。

 腫瘤方向：腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性、腫瘤微環(huán)境、腫瘤耐藥性等。

 細(xì)胞方向:大規(guī)模細(xì)胞圖譜構(gòu)建、細(xì)胞分化、稀有細(xì)胞類(lèi)型鑒定等。

 免疫方向：構(gòu)建免疫圖譜、免疫細(xì)胞分化等。

 生物標(biāo)志物/疾病分型

 ...

 案例分析

Cell Research： 通過(guò)單細(xì)胞RNA測(cè)序追蹤人類(lèi)胚胎中的第一個(gè)造血干細(xì)胞生成[1]

研究背景

迄今為止，追蹤人類(lèi)胚胎中的第一批造血干細(xì)胞（HSC）的出現(xiàn)，特別是其稀有和短暫的前體，是具有挑戰(zhàn)性的，主要是由于技術(shù)限制和材料稀缺性。

研究策略

本文對(duì)509個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了良好的單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq），對(duì)11,440個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了基于微滴的scRNA-seq測(cè)序（10X Chromium），從而首次構(gòu)建了人類(lèi)胚胎中HSC生成的分子景觀。涵蓋了人類(lèi)胚胎發(fā)生過(guò)程中從內(nèi)皮細(xì)胞到HSC轉(zhuǎn)換的整個(gè)過(guò)程。

圖1. 人類(lèi)胚胎單細(xì)胞測(cè)序分析

參考文獻(xiàn)

[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.